Le complexe de Santo Stefano est composé d'un ensemble de chapelles, d'églises et d'un monastère, et est connu sous le nom de « sette chiese » (les sept églises). Selon la légende, Santo Stefano aurait été fondée par San Petronio, l’évêque de Bologne entre 431/432 et 450, qui a été inhumé ici. L'histoire raconte que durant un pèlerinage en Terre Sainte, il trouva un ensemble de bâtiments destinés à reproduire les étapes de la passion du christ. Mais il faudra attendre le IXe siècle pour avoir une première mention écrite dans un parchemin de Charles le gros. Les différents éléments du complexe sont d'époques différentes. L'église dédiée au Saint Sépulcre était probablement un temple romain dédié à Isis, plus tard transformé en église avec un édicule pour héberger les reliques de San Petronio. Là où se trouve actuellement l'église de la Trinité était un cimetière chrétien de la fin du quatrième siècle. L' église de San Giovanni Battista, aujourd'hui appelée crocifisso (crucifix), est probablement d'origine lombarde, comme ledit bassin de Pilate peut l'attester avec une inscription faisant référence aux rois Liutprand et Hildebrand qui régnèrent ensemble de 736 à 744. Au début du XIe siècle le complexe connu son âge d'or avec la construction de la crypte dans l'église San Giovanni Battista par l'abbé Martino, et le 3 mars 1019 l'on y transféra les corps de San Vitale et de San Agricola. À cette date, le monastère avait déjà probablement le plan qu'on lui connait aujourd'hui : l'église de San Giovanni, l'église dédiée à San Vitale et San Agricola et l'église de la Trinité.
