La crypte de San Zama faisait partie du monastère dédié aux saints Naborre et Felice, aujourd'hui c'est le siège du commando militaire de l'armée italienne en Emilie-Romagne, et anciennement hôpital militaire. L'histoire de la crypte est liée à l'émergence de la première communauté chrétienne de Bologne. On a longtemps cru que San Zama était la première cathédrale, car justement en ce lieu furent enterrés les premiers évêques de Bologne, à partir dudit Zama. Il est plus vraisemblable de penser, comme c'était le cas pour le complexe de Santo Stefano, que se situait à proximité un des premiers cimetières chrétiens, où ont alors été inhumés les évêques de Bologne à cause de l'interdiction ( maintenue jusqu'à la fin du Ve siècle ) d'enterrer les morts à l’intérieur de l'enceinte de ville. Selon la légende, le lieu fut attribué à San Pietro en personne, tandis que sa fondation est attribuée à Zama. L'évêque Faustiniano, successeur de San Zama, non seulement a contribué à augmenter la notoriété du sanctuaire, en construisant une basilique plus grande, mais aussi à changer le vocable de l'église en faveur des saints Naborre et Felice, martyres de l'Eglise milanaise, de laquelle Bologne dépendait. Tous les évêques du diocèse de Bologne furent inhumés en ce lieu jusqu'au VIII-XIe siècle, à l'exception de San Petronio, inhumé dans le complexe de Santo Stefano. Après une longue période sans aucune mention, on les retrouve au Xe siècle, quand vient à être dénoncé un grave état de dégradation de l'abbaye. C'est seulement avec l'arrivée des moines bénédictins que l'on donna une nouvelle vie au complexe. Les moines reconstruisirent l'église dans un style roman, et l'ont dotée d'une crypte. Il ont également construit le monastère et au cours du XIVe siècle le clocher et la sacristie. En ces temps, le couvent, nommé l'Abbadia, devint un des plus importants centres d'études de la ville. Mais la lutte du XVe siècle entre les seigneurs de Bologne et le pape l'a conduit à sa ruine ainsi qu'à l’abandon du lieu par les bénédictins. Après un siècle de décadence, le pape donna le complexe aux sœurs clarisses. La crypte est le seul bâtiment roman conservé au sein du complexe.
